(5)
7月20日发掘进行第二步骤，即以船舱为单位逐一清理。
这时候由于上阶段的辛劳，体力有较大消耗，加上气候酷热，四位专业骨干先后有三人中暑病倒，连身体最棒的苏垂昌先生也难幸免。
这使发掘工作受了影响。我为此几次进城“告急”。后来领导组通过组织部门从史学界抽调了李登俊、张克泰、李再明、王世战、刘裕坤诸先生前来支援，从而充实了发掘专业力量。
由于上阶段掲去船体上部的堆积层并往船舱深处下挖，致原来的海滩形成一个大深坑，海水每次涨落不仅破坏了发掘现场，而且退潮后深坑和船舱积水，阻碍下一次发掘。
这样一来，我们每一次发掘都要先用抽水机抽出坑内舱内的水，然后才能继续工作。每次抽水需用两部抽水机，用一个小时以上的时间将水抽干，往往水刚抽完，潮水又要涨来了，我们又得搬场。这大大增加了我们工作的难度。
开始向船舱发掘时，船中遗物陆续出现。先是发现大面积的竹蔑编织物，伴随出土的还有箬叶和藤皮残迹，它们分布在二、三、五、六、七和第九舱，有人字形、六角形等编织形式。
很明显，这是船连遗物，多么宝贵的古代舟帆的实物见证。可是由于它们长久埋在海滩地层，用手一动就解体了。因此为了让它不受损坏地出土上岸，我们想方设法，动尽脑筋，最后终于想起一个土办法：
用特制木框平面按入编织物及其底下附着泥层，再用细铁线沿木框底往下割，使竹编附着泥层沿木框底之处的平面被割出一线道道，又注入海水，让这线道道的泥层上下产生润滑作用，再在土框旁边备好一块与木柱大小相当的玻璃或木板，最后移动木框，使套在框内的竹编及其附着泥层完整地滑动在玻璃或木板上。我们用这个土办法成功无损地取了十多件样品，为船史研究和陈列展览提供了宝贵的实物资料。
紧接着是大量香料药物及木牌签等其他遗物的出现。香料药物数量最多，它们出于全船各舱，以第二和第五舱为最。出土时它们与烂泥和其他沉积物混在一起，长短粗细不一，一般长20-168厘米，圆径2.5-5厘米。
其他沉积物中有绳索、笼箧残迹。我们乍见时以为是伙房燃料，稍后很快否定这种看法。因为经洗去污泥后，它们就从小几仲不同的颜色来，有深红的、有紫色、土黄的等。火柴不可能有这种颜色。再是常识告诉我们，船上放火柴的地方应是生活舱，不可能是第二和第五舱，也不可全船各舱都放，而且数量多达4100斤。
随着发掘往船舱底部进展，除一般香料药物继续出土外，一些体积小的遗物如铜钱、胡椒子、水银、货贝和一些类似矿物又未知究竟的东西也出现了。
它们中除陶瓷器、钢钱、贝壳等外，多数属于有机物质。它们年久月深埋在地层中，一旦离开地层，接线了日光和空气之后，就很快地变色变形，直至腐朽粉碎。
如香料木出土时有上述的几种颜色，而且色泽明亮如新，可不出三个小时、颜色都褪成象火柴一样的颜色。至于收缩开裂。因此及时采取有效措施，防止变色变形，对于我们来说是“燃眉之急”。
但在我们国内当时，对于这类质地的文物之科学保护问题也还是空白，我们怎有可能解此倒悬？何况船舱遗物量那么大。
因此当时我们只能根据出土物的体积和数量情况分别采取过渡性的措施。即将大量的香料未经清洗后装入塑料袋，并即运到市里置于不通风的暗室作暂时性的封闭;对于体积小数量也少的出土物，则采取保湿、密封等方法予以处理。
(6)
船舱遗物清理完毕后又迎来船体这个庞大文物出土上岸的难题。
对于古船起运上岸，有关人士曾有个脱离实际的设想，认为“船体完整出土才不损这场发掘的重大意义”。主张用拖船通过水路将古船拖入新侨溪，然后吊上岸搬运到开元寺(已预先计划开元寺作为置放古船的地点)。也有主张利用后渚至市区的公路运输。
后来证实这些方案不可行。发掘后的船体饱含水份，其重量是一般木材的几十倍，加上用以板连的船钉全部腐烂，水密舱料早已脱落，整体早已分解。再大的拖船也无法拖动，一拖船体就会散开。
即使可行，那么古船拖到新侨溪后，有那么大型的举重机把它吊上岸吗？吊上岸后又将用什么样的运输工具把它运入开元寺呢？
别的不说只说公路，那时后渚段公路才6米宽，而古船的宽是9.15米，要适应这一运输，岂不意味着要拓宽公路？
为此，我们多次开会反复研究，最后议定采用“化整为零”一将船板各别拆开搬运的办法。这个办法在当时条件下是最佳选择，领导上也认为可行。
于是我们作了拆船及其后安装复原的准备，对船体各部实况进行拍摄，并按船板的板连次序逐一编号;还从造船厂调来造船技术人员，从搬运公司调来起重队。
拆船实施后但见船板厚一般为6-8cm，宽30cm左右，长10-14米，一条船板要八个彪形大汉才扛得动。
可是搬运时由于肩上加重后走在海滩上足陷入泥中要没及大腿，走动不得，搬运工作又搁浅下来。
于是领导组不得不从有限经费中拨款购买一些十多米长的杉木，每三根并排捆扎在一起，由海船出土处连接排到海岸边，上铺稻草防滑，作为扛运栈道。这样才解决搬运工人的“步履艰难”。
二三天后，古船所有船板、隔舱板、桅座、舵座及其他属具全部顺利地拆运上岸。
船板上岸后难题犹未了。因为船板应运入市区，而一般汽车长不过4-5米，而船板的长度却是10-14米，船板装上车后有2/3仲出车外，汽车一动，船板就可能断忻。
故又只得向物资部门请购大型汽车底盘，由搬运公司出资配装一部大型货车，解决了船板由后渚运至市区的难题。
