吴鲁一生十分关心国家命运。当甲午(1894年)中日战争时，他在《请速调战将以临前御敌书》中提出：请皆迅调战将，以分贼势。在《为政而不行甚者必变而更化之仍可理也论》中指出：“治术与学术异，治术贵因时变通。”强调要以史为鉴，因时变通，进行革故鼎新。清光绪二十六年庚子八国联军入侵京津时，吴鲁大声疾呼，要激发民众的爱国锐气，加强水陆联防。他在《请饬沿海水师互相联络以振全局疏》中指出：“宜以北洋为提纲，以南洋为关键;以陆军扼守其要区，以水师会哨其海口。”可惜这些建议未能被采纳。但因此被主战派推荐为总军务。他倡议办理民团，对义和团及其活动持有独特的见解。在《请饬统兵王大臣部勒义和团勇与官兵长短时间》中说：“窃惟今日之义和团勇，善用之可以壮军威，建议勒以部伍，分地驻扎，与官兵长短相间，协同作战。则可收实效。”当八国联军攻陷天津时，统兵马玉昆退守北仓，在北京东、南两面开挖工事，并为此上书军务处给予嘉奖。吴鲁在《代军务处大臣复马玉昆书》中对此加以驳斥，进而提出变被动为主动的策略：“如今之计，宜合各军，联络一气，申明纪律，分路誓师，同时进取，以南路辛酉等包抄其后，以西路升元等横击其腰，北路则贵军力遏其衡，克服津郡，保卫畿疆，此上策也。”
庚子之乱，吴鲁困居孤城，满怀悲愁忧愤，做《百哀诗》。《百哀诗》分上下两卷，集中反映八国联军掠津京，慈禧太后挟帝出奔，人民备受凌虐的悲惨情况;同时有力鞭挞那些丧师失地、媚外辱国的奸佞之徒。吴鲁对于腐败的清廷在民穷财尽、国家将亡之际，还不思悔改振作。深感悲愤。于宣统三年(1911年)闰六月，辞职返乡。民国元年(1912年)10月8日病逝。吴鲁著有《蒙学初编》《兵学经学史学讲义》《教育宗旨》《杂著》 《国恤恭纪》《文集》《读王文成经济集书后》《使雍皖学滇学西征东游诸日记》《正气研斋类稿子》《正气研斋遗诗》《百哀诗》《纸谈》等，其中后四部著作曾刊印行世。
吴鲁在安徽视学时，偶然间获得一方岳飞砚，很珍惜，特地将此砚命名“正气砚”，这砚此前曾为文天祥所得。吴鲁得到后视为珍宝，特命名他的书斋为“正气研斋”，并严命子孙好好保管此砚，要子孙后代以岳飞、文天祥为榜样，忠于国家，忠于民族，做一个有气节的人。（摘自《泉州状元录》）
