怒斥小泉纯一郎参拜靖国神社
2006年8月15日，因为时任日本首相小泉再次参拜靖国神社，李肇星第一时间把日本大使宫本雄二叫到外交部，提出交涉。
宫本刚一落座，李肇星就代表中国政府和人民提出了强烈的抗议，连客套话都省了。“靖国神社供奉的‘二战’甲级战犯，是日本军国主义发动和实施对外侵略的策划者和指挥者，是近代史上给亚洲和世界造成巨大劫难的祸首……小泉首相参拜了6次，辩解了5年，但国际社会和日本国内反对参拜的声音日益高涨，这说明他的行径不得人心……”
宫本雄二中间想解释几句，都被李肇星驳回去了。
“政事儿”注意到，除了这次与日本交涉，李肇星在联合国的时候曾让秘书质问日本外交官为何胡说八道。
2014年1月，李肇星的外事回忆录《说不尽的外交》一书，在首都图书馆举行读者见面会，见面会上有记者问李肇星曾作为驻联合国代表，在联合国工作是否会有争论。
李肇星谈到，一次自己在联合国大厦里准备去开会，一位秘书跑过来报告，说日本一名外交官在会上胡说八道，称有的大国交会费很少，权力很大，还是常任理事国。日本交会费多，却不是。”
李肇星对这位同事说，“这也要先报告?你要先斗争，赶快跑回去，问他是谁让他胡说八道的。联合国建立在二战后的废墟上，有的国家对历史问题还没正确认识就想“提拔”自己，不可能。”
后来这位同事回去质问日本外交官，对方才承认无理。
