康熙元年(1662年)
◆五月初八日，郑成功病逝于台湾东都，时年39岁。子郑经嗣延平王位。
◆同年，安溪县驷岭林木棍从台湾带回芒果种苗，在其家乡洋美种植。安溪芒果由此发展。]
康熙二年(1663年)
◆六月，郑经族叔郑鸣骏及子率所部自金门入泉州港降清;驻南日、崇武等地的原郑成功部将也相继降清，官兵总计万余人，、船只300余号。郑经军事力量大受影响。
◆十月，清靖南王耿继茂、福建总督李率泰发兵攻金厦两岛。由马得功、郑鸣骏军队及荷兰船队出发泉州港向金门进攻，施琅、黄梧率队出海澄港攻厦门。郑经部队寡不敌众，金、厦失守。郑经退守铜山(今东山)。
康熙三年(1664年)
◆三月初九，泉州九虹并见。
◆三月，郑经率师离铜山入台湾。奉命断后的黄廷、周全斌在云霄、漳浦降清。自郑经掌权以来，郑军降清部队达10万之众，战船900号，宿将精锐十去七八。
◆六月初六和二十六日，惠安、南安、安溪、永春暴风雨，水骤涨，城中市肆庐舍倾圮无数，淹没溺死甚众。
◆八月十六日，荷兰兵舰10艘、番兵千余人抵晋江安平港，拟联合清军，从围头出发攻澎湖。
◆十月初旬，慧星出现，经月乃消。为泉州历史上首次记载慧星出现。
康熙四年(1665年)
◆五月，福建水师提督施琅率水师攻台，至澎湖水域，飓风大作，各船飘散不能相顾，损坏甚多，不得已而返。此后施琅被调入京，攻台之事暂搁。
◆八月，陈永华辅佐郑经开发台湾经济，兴办教育，使台湾经济、文化迅速出现转机。民心趋向安定。
康熙八年(1669年)
◆六月，清廷遣刑部尚书明珠、兵部侍郎蔡毓英至泉州，商议招抚郑经事。七月，兴化知府慕天颜入台议和，未果。
康熙九年(1670年)
◆郑军安守台湾，海峡几年无战事，泉属沿海“界禁”渐宽，开始有人到界外耕种、捕鱼、贩运。
康熙十三年(1674年)
◆三月，靖南王耿精忠在福州叛清，执总督范承谟，控制种府县。郑经应耿精忠之约，率军西渡大陆，占领厦门。
◆六月，郑经与耿精忠失和，相继攻取同安、泉州城、漳州城和广东的潮州。
◆九月，耿精忠遣提督王进率步骑3万进攻泉州，至惠安肆行焚掠。郑经命刘国轩统兵迎战，王进退屯枫亭。十月，刘国轩在涂岭打败王进，追至兴化城下，大胜而归。
◆同年，郑经部相继攻取南安、安溪、永春、德化诸县。
康熙十四年(1675年)
◆正月，耿精忠遣使入泉州与郑经修好，双方约定以枫亭为界，“有事相援，无得侵伐”。
康熙十五年(1676年)
◆四月十六日，晋江大水，民畜溺死甚多。德化大雨，溪水暴涨，冲西南门入城，平地水忽出，瞬息淹屋，水退死尸枕藉;环山崩裂，山顶水涌如泉，半月始干涸。永春大水，民死者无数。
康熙十六年(1677年)
◆二月，清宁海将军喇哈达复占泉州。郑经闻讯，弃漳州入厦门，分兵守晋江东石、蚶江、祥芝及惠安崇武、獭窟沿海等地。至六月，郑经趁三藩之乱占领的泉、漳、邵、汀、兴五府之地相继失守，损兵2万多，在大陆沿海仅存厦门岛及广东惠、潮两地。
◆三月十九日，龙溪县人蔡寅自称“朱三太子”反清，率200余人夜袭泉州。随后在泉、之地裕饷，和议再次失败。
康熙十七年(1678年)
◆四月，蔡寅率数千人包围安溪县城，后清援军到，乃撤走投郑经。
◆六月，刘国轩分兵屯泉州桃花山，连营东岳庙，直逼清源山，并攻夺洛阳桥。
◆七月初四，刘国轩攻入惠安县城。同月又攻同安，清都统雅大里退入泉州城。国轩遂围泉州城，攻南门，城坠40余丈。清兵筑短墙以守，相持两月。国轩水陆并进，攻南京，杀守将;又攻安溪不克，转攻永春、德化。
◆八月，清闽浙总督姚启圣、平南将军赖塔率军分水陆四路援泉州，相继重占惠安、南安、同安。郑军也从永春、德化退兵，泉州围解。
康熙十八年(1679年)
◆正月，清廷在福建沿海重行“迁界”，赶逐百姓重入内地，于沿海20~30里靠近水边险要地方添设炮台、筑造小寨，防范郑部队。
◆二月，分守惠安沿海的郑经水师五镇蔡冲调趁回厦门之机，驾船入泉州降清。
◆同年，由于清廷的经济封锁和姚启圣的招降活动，郑氏集团在金门、厦门的统治受到瓦解，士气动摇。至年底，郑军有5个陆镇和5个水镇约10万余官兵降清。
康熙十九年(1680年)
◆正月，清福建水师提督万正色率舟师大举进攻金门、厦门。郑经战败，率诸将回台湾。
◆二月，万正色进攻惠安崇武、秀涂。郑经驻崇武部将朱天贵、林升率水军船300余艘迎战，被万正色击沉20多艘，撤往铜山澳。
◆五月，郑军水师朱天贵部两万余人、船300余艘献铜山降清。沿海诸岛复归清有。
康熙二十年(1681年)
◆正月二十八日，郑经病逝台湾承天府。
◆二月，冯锡范与郑经弟郑聪等共谋，杀死郑经长子郑克臧，拥立郑经次子郑爽嗣位。
◆同月，清廷准许迁入内地的沿海百姓回祖籍地，但仍严禁边民通郑军。
◆六月，清廷派右都督施琅往福建，并任福建水师提督总兵官加太子少保，以“专征台湾”。原水师提督万正色改任陆路提督。
康熙二十二年(1683年)
◆六月十四日，福建水师提督施琅率师从铜山出发进攻澎湖。至二十二日，澎湖守将刘国轩力战败溃，率残部逃回台湾。
◆八月十三日，施琅率领官兵自澎湖启航到达台湾，郑克爽投降，清统一台湾。
◆十月初六日，施琅派船遣送郑克爽、冯锡范、刘国轩等并眷属由台湾至泉州。后刘国轩随郑克爽至北京，郑克爽受封正黄旗汉军公，刘国轩授天津卫左都督总兵。
康熙二十三年(1684年)
◆八月二十四日，康熙皇帝敕封妈祖为“护国庇民妙灵昭应宏仁普济天后”。次年钦差礼部郎中雅虎等御书香帛到泉州庙致祭。康熙五十九年，钦定春秋二祭。妈祖信仰在中国沿海及海外更加广泛传播。
◆九月，康熙皇帝下旨解除海禁，允许“百姓制造半截五百担以下船只，出海贸易、捕鱼”。自顺治十二年(1655年)开始的海禁至此结束。
◆同年，清廷设立闽海关(福建海关)，管理对外贸易和征收税等事务。泉州府属设立海关口馆近10所，即：南门外口馆、法石口馆、安海口馆、东石口馆、马头山口馆、厦门口馆、厦门港口馆、刘五店口馆、鼓浪屿口馆、排楼门口馆、隶属闽海关管辖。
康熙二十四年(1685年)
◆銮仪使林兴珠(永春人)率福建藤牌兵随都统彭春赴黑龙江收复被沙俄侵略者占领的雅克萨城，战功卓著。
康熙三十九年(1700年)
◆康熙帝遣官护送郑成功及子郑经两柩归葬南安县水头镇康店村覆船山，置守，建祠。
康熙四十七年(1708年)
◆泉州人陈赖章到台湾贸易，约人开垦大佳腊(台北盆地)之野，为开辟台北之始。
康熙四十八年(1709年)
◆移居台湾的晋江人施世榜，招集失业农民垦殖彰化东螺平原，建东螺堡，筑八堡圳水利工程。
康熙五十年(1711年)
◆春，地方官赈灾不曾施及百姓，泉州一带民众聚集千人抢夺粮食，逃奔山中。福建陆路提督蓝理率兵“进剿”。此事惊动康熙皇帝，随即下令停止“进剿”，派大臣前往招安，并将任意扣留朝廷赈灾粮的蓝理职治罪。
◆同年，漳平陈五显等率农民起义武装2000余人攻永春、安溪、德化，后被官兵擒杀，起义失败。
康熙五十一年(1712年)
◆清廷宣布严拿偷渡台湾之人。
康熙五十六年(1717年)
◆清文渊阁大学士、安溪人李光地将康熙皇帝赐赠的“红稻”品种在湖头栽培获得成功。此后，该稻品种推广民间，在安溪全县以至闽南一带播种。
◆同年，清廷下令禁止与南洋贸易。泉州海商受到严重打击，沿海走私贸易随之增多。
康熙六十年(1721年)
◆四月，台湾朱一贵起义，泉郡骚动。六月，福建水师提督施世骠(晋江人)率兵镇压。
◆五月，永春陈洛、郑坚聚众在天湖岩暴动，以响应台湾朱一贵起义，遭官兵镇压而失败，并被捕送省城杀害。
◆同年，清廷禁商人贩米出海，从浙江籴米3万石，海运贮厦门及漳、泉诸府。
