检方抗诉，指出被遗漏的无罪事实
在家属的不断追问下，案件迎来转机——湘潭市检察院提请湖南省人民检察院抗诉。
祁金湘记得，2014年元月，湘潭市检察院一位副检察长把他叫过去，告诉他，“祁锦坤的案子省政法委主要领导有批文下来，我们确实发现了重大错误”。
湖南省检察院依法审查后认为，原判认定祁锦坤构成犯罪的事实错误，适用法律不当，于2015年4月13日向湖南高院提起抗诉。湖南高院于2015年11月24日裁定撤销湘潭市、县两级法院判决，发回湘潭县法院重审。
2016年5月27日，湘潭县法院重审宣布祁锦坤无罪。无罪判决书确认，祁锦坤在办理湘潭县响塘信用社和湘潭市商业银行的抵押时不构成重复担保;长沙锻压机床公司附条件转让给锦坤公司的财物虽然协定价只有55万多元，但价值400余万元的资产移交清单并不能视为虚假;此外，保证人徐新明已经归还了100万元贷款，不能认定祁锦坤主观上具有非法占有目的。
无罪判决书应证了当年被告席上祁锦坤自辩的真实性。湘潭检方的申诉复查通知书则指出，当时的有罪判决遗漏了一个关键事实：在祁锦坤失踪期间，2006年11月24日，锦坤公司所欠的100万元贷款的担保人徐新明，曾致函湘潭市商业银行，要求该行先起诉锦坤公司，如锦坤公司不能归还贷款，其愿代为偿还。2007年9月30日，在刑案审查起诉期间，徐新明向湘潭市商业银行归还了锦坤公司贷款本金100万元。“但该还款情节在原案办理过程中未予查证。”
为何当时会遗漏100万元贷款已经归还的事实呢?10月9日，祁金湘对澎湃新闻说，他们认为这中间另有原因，“因为他们就是想让祁锦坤去坐牢，所以不但不可能提100万元已经归还的事实，而且为了给他定罪，民事执行还为刑事判决服务，下达了一个‘无履行能力’的民事执行裁定。”
判了无罪，又多出来100万债务？
澎湃新闻注意到，湘潭县法院的无罪判决书中提到了一份“中止执行”的裁定书证据。在徐新明归还湘潭市商业银行100万元一个月后，2007年11月6日湘潭县人民法院作出(2007)潭执字第172号民事裁定书，裁定“被执行人法定代表人祁锦坤因涉嫌诈骗被公安机关刑事拘留，正在侦查之中，公司亦停办暂无履行能力，中止执行”。
“法院为何将已还款说成无履行能力未还款?钱都已经还清，何来中止执行?这是枉法裁定，就是想在刑事案件中坐实祁锦坤有犯罪事实。”祁锦坤家属在申冤材料中写道。
无罪判决书显示，湘潭县法院对湘潭市商业银行的执行申请于2007年11月6日裁定中止执行后，在祁锦坤被刑事定罪之后，于2009年6月1日又恢复执行。2009年9月16日，湘潭县法院对该民事判决裁定“终结执行”，并发放债权凭证给原湘潭市商业银行(注：该银行现已重组改名)。
原锦坤公司厂房内景。
“民事和刑事案件交叉进行，民事方面先裁定中止，好给祁锦坤定罪;等那边刑事案子判了，这边民事马上恢复执行。”祁金湘说，他们完全蒙在鼓里，因为上述的这三个执行裁定，他们一个都没收到过。
“我们很好奇，欠银行的100万元明明已经还了，法院还发放债权凭证给银行，是不是意味着锦坤公司仍欠银行100万贷款?这银行凭空多出来的债权最后如何处置的?”祁金湘对澎湃新闻质疑道。
2016年6月、9月，祁锦坤的家属分别向湘潭市、县两级院提起总计2000多万元的刑事、民事国家赔偿，同时要求撤销“172号”执行裁定，“我们要搞清楚这债权凭证的来龙去脉”。
湖南日月明律师事务所主任周泽华接受澎湃新闻采访认为，“如果100万的欠款已经归还，法院没有理由再发放100万元的债权凭证。对此，银行的过错显然更大、更明显些。”
澎湃新闻注意到，在湘潭县法院的无罪判决书中，原湘潭市商业银行板塘支行客户经理贺金海对此有一份证言，称徐新明归还100万贷款本金后，该行没有告知办案机关。“原因一是该笔贷款的利息并没有归还;二是我当时是板塘支行客户经理，贷款是在板塘支行贷的，但后来因该笔贷款难以收回，就移交给了市行资保中心，还款也是还给了市行，他没有及时了解清楚;三是他也不知道还款后要马上告知办案机关。”
周泽华认为，理由一、三不能成立，银行作为申请执行人，债务已得到清偿，应当及时告知法院。理由二说明银行内部管理存在问题。
周泽华告诉澎湃新闻：“不管此前的贷款归还情况如何，法院在发放债权凭证之前，应该要向债权人核实债务履行情况。”
10月12日，澎湃新闻联系了湘潭县法院一名副院长询问该国家赔偿案进展及100万债权凭证相关疑问，该院一名副院长回复称，目前正在审理当中，不便答复。
