中国最好大学排名的指标体系由9项指标构建。其中人才培养方面2项，即反映生源质量和人才培养声誉的“新生高考成绩”、反映培养结果的“毕业生就业率”；科学研究方面4项，分别是体现科研规模的“论文数量”、体现科研质量的“论文质量”、体现顶尖成果的“高被引论文”、体现顶尖人才的“高被引学者”；服务社会方面3项，包括测量科技服务贡献的“企业科研经费”、测量产学研合作的“校企合作论文”、测量成果转化效益的“技术转让收入”。其中，排名的科研指标来自全球最大的文献摘要数据库Scopus。
“科研规模”指标排名中，最近5年被收录论文最多的5所大学依次为浙江大学、上海交通大学、清华大学、北京大学和四川大学。
“科研质量”指标排名显示，标准化论文影响力高于世界平均水准的中国大学有55所，排名第一的是中国科学技术大学。
“高被引论文”指标排名中，清华大学、北京大学依然位居前两名，浙江大学、上海交通大学、复旦大学、中国科学技术大学、南京大学、华中科技大学、哈尔滨工业大学、中山大学分别位列3-10名。
“高被引学者”指标排名中，清华大学以109人位居中国大学榜首，北京大学、浙江大学、上海交通大学和复旦大学均拥有50位以上的高被引学者，分列第2至5名。
