近年来，马鞍山市与南京市携手，创新体制机制，通过建立联防联控机制、联动执法机制、会商交流机制、信息共享机制，高质量推进林长制实施。
联防联控，宁马两市积极探索长江流域林业管理统一规划、同步改造、共同管护的新模式，共同编制跨区域森林资源保护规划，并按照属地原则分别承担本区域林业基础设施建设，开展管理范围内涉林违法问题整治。
联动执法，强化重点时段生态保护联动执法监管，完善联合执法互督互学长效机制，推进跨区域生态保护执法司法协作;建立了石臼湖一县三区(当涂县、马鞍山市博望区、南京市溧水区、南京市高淳区)流域交界水体联合执法机制，每年组织开展一次联合检查并通报结果。
会商交流，建立两地跨界联防联控联席会议制度，召开了南京市马鞍山市林业联防联治座谈会、石臼湖联管共治工作会议等多个具体事项推进会，并适时召开市级联合会商会议，交流林长制工作经验，研究解决困难和问题。
信息共享，共同探索建立森林防火、病虫害防治、森林资源管理、技术人员交流、重大课题和科研成果等方面的信息交流与共享机制，加强毗邻地区森林防火设施建设及联合调度，定期通报虫情信息，实现监测数据共享。
