2016年6月30日，阿基诺三世结束了6年的总统任期，第二天，两名遇害特警的亲属和非政府组织“打击犯罪和反腐败志愿者组织”就到专门负责调查公职人员犯罪的司法部调查官办公室，对阿基诺三世、普里西马和纳皮纳斯提出申诉，指控三人因行动“轻率鲁莽”致使44名特警死亡，要求追究他们的责任。
此后一年间，遇害特警的家属和“打击犯罪和反腐败志愿者组织”不断呼吁调查官办公室对阿基诺三世等人提起刑事指控。
阿基诺三世则对各项指控矢口否认，他认为自己并没有“直接参与到策划和执行抓捕行动”，因此也就不可能直接导致特警的遇害，而他将行动告知已经被停职的普里西马仅仅是因为后者“人脉很广，能为行动提供关键信息”。
由于争议不断，双方各执一词，“马马萨帕诺屠杀事件”成为菲律宾社会难以弥合的一道伤疤。
菲律宾媒体刊登的漫画：“马马萨帕诺屠杀事件”的“幽灵”至今仍没放过阿基诺三世。
杜特尔特曾保证：“本届政府会还遇害者公道”
杜特尔特就任菲律宾总统后，也一直希望通过调查给“马马萨帕诺屠杀事件”一个定论。
今年1月24日，在44名特警遇害两周年之际，杜特尔特宣布以后每年的1月25日为“国家纪念日”，用以纪念遇害的特警。他还公开批评阿基诺三世派出特警而不是军队前往反政府武装控制的南部地区执行抓捕任务，是送“羊入虎口”。
菲律宾现任总统杜特尔特
杜特尔特也向遇害的特警家属保证，本届政府会还给他们一个公道。
于是，菲律宾舆论又重新开始回忆起“马马萨帕诺屠杀事件”，在这种情况下调查官办公室也再不好一直拖延。
终于在7月14日，菲律宾调查官办公室公布了一份长达35页的调查报告，宣布下令以“篡夺职权”等罪名对阿基诺三世、前警察总长普里西马和前特警指挥官纳皮纳斯提起刑事指控。
菲律宾《每日问询者报》网站报道截图
菲律宾调查官办公室这次对阿基诺三世提起刑事指控，其主任克莫拉莱斯称他们掌握了充分的证据，证明阿基诺三世的行为违反了菲律宾《反贪污和腐败行动法》，任用已经停职的官员负责重要行动，同时绕过了其他相关官员，打破了正常的指挥程序，涉嫌“篡夺职权”。
锒铛入狱？还是洗白脱身？
阿基诺三世面临刑事指控的消息传出后，菲律宾舆论对调查官办公室的这一举动大加赞赏。
《菲律宾星报》14日刊登社论《迈向公正的一步》，认为“马马萨帕诺屠杀事件”发生至今已经两年多了，中间经历了太长时间的听证调查等程序，呼吁调查官办公室应加快司法脚步，尽快向菲律宾反贪污法院提起诉讼。
《马尼拉时报》也在社论中称，应该让阿基诺三世为“马马萨帕诺屠杀事件”站上法庭。
菲律宾司法部长比塔利亚诺·阿吉雷也公开表明立场，称赞这是一个“受欢迎的进展”，他认为“该决定的事实依据大体上是准确的”。杜特尔特的首席法律顾问萨尔瓦多·班尼洛更是公开喊话，“没有权力和财富可以从法律的制裁中逃脱，到了该对前总统算账的时候了。”
不过，虽然阿基诺三世面临刑事指控，但距离遇害者家属希望的“把他扔进监狱”或许还有很长的距离。
在菲律宾调查官办公室下令对阿基诺三世提起刑事指控的当天，阿基诺三世的代理律师就出面回应，认为调查官办公室的指控依据可能是一些错误信息，得出了错误的结论，阿基诺三世将会在未来复议，来澄清自己的责任。
根据菲律宾相关规定，如果调查官办公室认为阿基诺三世的复议有道理，将会重新考虑对其的指控，甚至有可能会撤销指控。这种情况并非不可能。
非政府组织“打击犯罪和反腐败志愿者组织”的负责人则表示，一旦撤销指控的情况出现，那就证明这次的指控是调查官办公室和阿基诺三世联合策划的一场政治阴谋，目的就是给阿基诺三世一个“护身符”，帮其“洗白”。
如果调查官办公室决定维持指控，该案件将提交给菲律宾反贪污法院，如果阿基诺三世对审判结果不满，他还有权利上诉到菲律宾最高法院请求裁决，这一过程必将耗时漫长。
