7月6日晚，国台办主任张志军在天津出席第九届津台投资合作洽谈会开幕式，在谈到对于台湾当局先告知美国后通知大陆的做法时，张志军表示，“导弹发射了之后，台湾有关方面首先第一时间是向谁通报的?是向别人通报的情况，导弹是向大陆方面发射过来的”，“我看是台湾有关方面有些人士到现在还是搞不清状况。”
但据台湾“中央社”7月6日报道，陆委会副主委邱垂正对导弹误射通报一事表示，这是台湾政府同步处理对外通报的作业，没有谁先谁后的问题。
陆委会副主委建兼发言人邱垂正
根据台媒此前报道，台湾“外交部”在事发当天中午将相关信息告知美国在台协会台北办事处官员。陆委会授权海基会，在当天下午通报大陆海协会，并请海协会转告各单位。
陆委会副主委兼发言人邱垂正6日晚间表示，基本上政府是同步处理对外通报的作业，没有谁先谁后的问题，通报时效还有精进空间，未来会加强。
此前，据“中央社”7月1日称，国台办发言人马晓光在回应媒体询问是否收到陆委会相关事件通报时表示，“关于两岸联系沟通机制问题，此前国台办发言人已多次作出了说明。”当天晚间，陆委会发言人邱垂正则表示，政府已通过现有的两岸沟通联系机制，做了必要且妥适的处理，1日下午授权海峡交流基金会通报大陆海峡两岸关系协会，请海协会通知相关部门，也随即同步通报大陆国务院台湾事务办公室。
而台湾“外交部”表示，1日午间，“外交部”已将该事件的所有相关资料告知美方在台协会，美方感谢实时说明，并允诺将相关情况立即呈报白宫，也希望若获进一步信息，能实时提供美方参考。
同时1日午间，“外交部”通过媒体讯息得知有两名外籍渔工受伤，立即依循过往惯例主动通报马尼拉经济文化办事处(MECO)及驻台北越南经济文化办事处(VECO)。
此外，针对大陆近期因极端天气造成的生命财产损害，海基会表示已两度致函海协会，张志军对此表示“感谢中国国民党及台湾各界人士表达的关心和慰问”。
据“中央社”称，海基会在致函后，海协会有反映已经收到了，海基会在致函中提及“若有协助救灾之需要，政府愿意全力协助”，大陆未有回应。
