26日下午，台湾“外交部”表示，尊重家属期盼人船早日获释，已协助“东圣吉16号”船长向日方缴纳诉讼保证金600万日元(100日元约合29新台币)，被扣船员在横滨获释。台“外交部”强调，协助交钱不表示政府默认日本享有在“冲之鸟”周边划设200海里“专属经济区”的权利。
台湾《联合报》评论称，台湾渔船“忍辱付款释人”。25日，“东圣吉16号”被日本海上保安厅扣押，日方下达通牒：26日中午前交付170万新台币才放人，否则人船押到日本送审，并罚800万新台币。26日最后通牒时间未到，家属就将钱汇出，加拿大《星岛日报》称，这表明渔民对政府不信任。
让台湾恼怒的是日本此次抓扣台湾渔船的理由：台湾渔船非法在日本专属经济区作业。由于事发地点在“冲之鸟”礁之外的150海里处，从马英九当局到岛内媒体都称，那是公海，根本不是日本的专属经济区。
距离东京1700多公里的冲之鸟，日本视其为该国最南端的“岛”，但《联合国海洋法公约》第121条第1项称，所谓“岛”，是四面环海并在涨潮时高于水面的自然形成陆地。第3项称，不能维持人类居住或其他经济生活的岩礁，不应有专属经济海域。台湾媒体说，日本为了把“冲之鸟”变成“岛”无所不用其极，自1987年起就开始加固扩建，花费数百亿日元，甚至东京都100多名议员将籍贯登记为“冲之鸟”。根据东京都产业劳动局网站的说法，“冲之鸟”带给日本大于国土面积(约38万平方公里)、约40万平方公里的专属经济海域，极为重要。此外，冲之鸟几乎位于第一、第二岛链正中央，与台湾、横须贺连结，刚好形成一个三角形海域，是战略要冲。
“一个9平方米、3个榻榻米大的一块地，怎么可以叫做岛?”台“行政院长”张善政26日痛批日本“作风不好”。他说，用9平方米就去延伸200海里的经济海域，“各位你们用膝盖想有这种事情吗?日本一个国际上堂堂大国可以干这种事吗?非常不合理!”台湾一名资深媒体人对《环球时报》说，这番话表明张善政心中对日本蛮横的愤慨。台湾渔民看上去也咽不下这口气，27日，各地渔会将到日本在台机构抗议。
台湾“华视”26日评论说，日本把台湾当作“软柿子”。《联合报》网站上，网民“小食堂堂主”声称“支持开战!!!”署名Wu Blackface的网民则称，醒醒吧!没有对等的实力，台湾你什么都不是，这就是现实。
国民党主席洪秀柱26日呼吁，无辜渔民不须缴纳给日本任何保证金，日本应无条件放人，支持政府捍卫渔民权益。国民党“立法院”党团强烈抗议并谴责日本公务船在公海掳人勒赎，无异于海盗行径，严重伤害台日关系。民进党“立委”黄伟哲26日则称，台湾与日本发生摩擦，证明马英九“友日”的“外交政策”已完全失败，这是在打马的脸。【记者 萧师言 环球时报记者 崔杰通】
