福州海关企业管理改革不止步，原先申请报关企业注册登记许可需在20个工作日内作出决定，如今福州海关当天就能为企业办结。改革举措的落地到位有力提升了福州关区企业进出口竞争力。截至2021年5月，福州关区报关企业已达164家。
福州在全国率先开展报关企业注册登记改革，尝试在福建自贸试验区福州片区和平潭综合实验区取消报关企业注册登记许可，施行登记备案制度;允许报关企业在异地报关，实现全国通办、取消报关员资格考试、取消报关企业2年报关权限制;对报关单位全面实施备案管理，取消“报关企业注册登记”事项的行政审批。推行“无纸化”办理，企业可在全国范围内实现全程无纸化网上办理报关单位备案事项，而且只需提交一份电子化的《报关单位情况登记表》，完全实现一地申请、一次办理。
福州海关还加强与省市商务、市场监管等部门之间的信息共享与联动协作，建立并畅通便民服务的机制与渠道，让企业通过注销平台一站式办理注销手续。2019年4月至2021年4月，福州海关共办结企业注销2882家，有效地缓解“注销难”，疏通资质管理领域的堵点。
AEO是经认证的经营者的简称。据福州海关企业管理和稽查处相关负责人介绍，高级认证企业是海关信用管理的最高等级，企业可以享受最低查验率、减少稽核查频次、设立协调员、优先通关，以及国家发改委、人民银行等40个部门给予的守信联合激励措施，同时享受与我国实现AEO互认的19个经济体45个国家和地区海关给予的通关便利措施。
2018年，经福州海关培育，宁德时代新能源科技股份有限公司成为海关高级认证企业，得益于这一“金字招牌”，该公司享受到一系列便利措施，包括收发货人免到场查验、快速验放进口生产线加工关键设备、降低锂离子电池组危包查验比例等。
出境加工是近年来的新兴业态，境内符合条件的企业将自有的原辅料、零部件、元器件或半成品等货物委托境外企业制造或加工后，在规定的期限内复运进境，海关仅对境外增值部分征税，节省了企业复进口时的税收成本。
福州海关运用单一窗口无纸化申报，实现企业账册备案变更全程“秒速批”，大幅压缩口岸通关时效，有效保障企业原料供应“快速通”，采取企业自主报核、自动核销模式，实现账册核销手续“及时结”，让企业出境加工进出口申报变得便捷。
