随着公立医院综合改革的不断深化和城镇化建设过程中农业人口的转移，一些新的矛盾与问题也逐渐凸显，如县级医院没发挥龙头作用，反而吸虹基层卫生人才、基层绩效大锅饭，卫生院外科、产科明显萎缩等。
针对问题，福建省委办公厅、省政府办公厅日前印发《关于进一步深化基层医药卫生体制综合改革的意见(试行)》，对基层医改出招，打破基层绩效大锅饭，完善激励措施、明确基层医疗卫生机构绩效工资总量构成。
取消基层医疗机构一般诊疗费
在价格方面，取消基层医疗卫生机构(不含村卫生所)一般诊疗费政策，设立诊查费、注射费，同步落实医保报销政策，不增加群众个人费用负担。
在医保方面，对现有基层医保政策进行全面梳理，拉开基层与不同等级医院或县域内与县域外医院报销差距。积极鼓励推广在基层普通门诊使用基本药物取消起付线、在医疗联合体内转诊取消二次起付线等做法，引导群众合理就医。
在基本药物制度方面，基层医疗卫生机构药品采购全部执行公立医院药品集中招标采购政策，实行网上采购，保证基层医疗卫生机构与公立医院用药品种相衔接。
所有县级医院年底前成立管委会
目前福建省市两级均已成立本级公立医院管委会，而县级多数未成立。意见要求，今年年底之前实现县级公立医院管理委员会(简称县医管委)全省覆盖。县政府设立县公立医疗机构管理委员会，县政府主要领导担任主任，成员由相关部门组成，县医管委办公室设在同级卫生计生行政部门。
借鉴龙岩长汀经验，改革县域医疗机构办医体制，由县医管委对基层医疗机构管理职能(人事、业务、经费等)进行归口管理，并将内部人事管理权(聘用编外人员、内部人员管理)、经营权(科室设置、专科发展、资金安排等)、分配权(统筹使用基本医疗、基本公共卫生收支结余和财政安排的基本支出补助收入，奖励性绩效工资的考核发放等)下放给医院自主分配，从机制上解决基层活力不足问题。
医院人员工资总额仅与医务性收入挂钩
目前福建县级公立医院改革进度不平衡，大多数县仍停留在仅完成药品零差率这一单项改革的进度上。意见要求，今年底前各地做好改革准备工作，明年初全面推进县级公立医院综合改革。
意见要求，要以改革内部分配机制为突破口，首先是改革工资总额核定办法。将医院总收入结构将医院总收入结构分为药品耗材、检查化验、诊察护理床位手术治疗收入三块(第三块统称为医务性收入)。医院人员工资总额的测算仅与医务性收入挂钩，充分体现医护人员的劳务价值。
其次，院长年薪由财政全额负担，院长代表政府管理医院运行。实行全员目标年薪制，院内人员年薪由基础工分、工作量工分和奖惩工分三个部分组成，打破人员工资与科室创收挂钩的分配模式。医务人员年薪分配由医院在核定的工资总额范围内自主核定。
同时，改革人事编制制度，实行院长聘任制，县级公立医院可在编制内明确备案管理办法及流程后，实行县级公立医院编制使用备案制;逐步实行同工同酬制度。
另外，实行总会计师制度，强化医院结余资金管理，明确各项基金相对应的支付范围和目的。
打通两个“最后一公里”
在农村，全面推进乡村卫生服务一体化管理，通过合理规划和配置乡村卫生资源，推进乡村卫生一体化管理，实现“以乡带村，以村促乡，乡村一体，共同发展”目标，满足农村居民基本医疗卫生服务需求。至2017年基本实现村医基本养老保险全省覆盖。
在城市，开展慢性病家庭医生签约服务试点。借鉴厦门市开展慢性病家庭医生签约服务试点经验，每个设区市选择1个市辖区开展家庭医生慢性病管理签约服务试点。2017年签约内容以高血压、糖尿病管理为主，并逐步扩大慢性病病重范围。签约服务费由基本公共卫生服务经费、医保基金和签约居民个人缴费三部分组成。其中福州市作为推进家庭医生慢性病签约服务的重点区域，2017年应做到所有市辖区家庭医生签约服务全覆盖。
取消基础机构一般诊疗费
在价格方面，取消基层医疗卫生机构(不含村卫生所)一般诊疗费政策，设立诊查费、注射费，同步落实医保报销政策，不增加群众个人费用负担。
在医保方面，对现有基层医保政策进行全面梳理，拉开基层与不同等级医院或县域内与县域外医院报销差距。积极鼓励推广在基层普通门诊使用基本药物取消起付线、在医疗联合体内转诊取消二次起付线等做法，引导群众合理就医。
在基本药物制度方面，基层医疗卫生机构药品采购全部执行公立医院药品集中招标采购政策，实行网上采购，保证基层医疗卫生机构与公立医院用药品种相衔接。
